Autotransporta apakšprogrammā studenti iegūst vispusīgas un dziļas zināšanas automobiļu uzbūvē, apkalpošanā, remontā un izmantošanā, transporta loģistikā, tirgzinībā un uzņēmējdarbībā, kravu un pasažieru pārvadāšanā, servisuzņēmumu projektēšanā, darbībā un vadībā, satiksmes organizēšanā un vadībā. Absolventu iespējamās darba vietas ir autotransporta servisa un tirdzniecības firmās, Ceļu satiksmes drošības departamentā un tā nodaļās, Ceļu policijā, pētniecības un izglītības iestādēs, valsts, pašvaldību un starptautiskajās institūcijās. Šajā apakšprogrammā apgūst šādus profesionālos studiju kursus: spēkratu uzbūve, autoelektroiekārtas, automobiļa un motora teorija, automobiļu tehniskā apkalpošana, autoceļi un satiksmes vadība, pārvadājumi, komercdarbība autotransportā, automobilis un vide.

Laboratorijas darbs automobiļa izmēģināšanā uz veltņu stenda Alternatīvo degvielu zinātniskajā laboratorijā asociētā profesora Vilņa Pīra vadībā.

Studenti laboratorijas darba ietvaros iepazīstas ar traktora CLAAS diagnostikas pamatiem profesora Daiņa Berjozas vadībā.